Mapas mentales
Excalidraw
Para dibujar mapas mentales, esquemas o prototipos, por ejemplo. Es como tener una pizarra online y además puedes compartirla en directo. Es una maravilla y es open source.
Markmap
ME ENCANTA. Sirve para crear mapas mentales con markdown. Sencillo y potente a la vez. Open source.
Drawio
Para hacer diagramas y compartirlos. En la línea de Excalidraw pero no tan rápido de usar. También es open source.
Deckset
Sirve para crear presentaciones tipo Powerpoint con markdown, de manera muy sencilla y vistosa. Es una aplicación solo para Mac, de pago (aunque cuesta poco, es una licencia lifetime por 35 euros) y que no es open source, pero la apunto aquí porque tiene muy buena pinta.
Cryptpad
Cryptpad es una alternativa a Google Drive que recomiendo mucho y que uso en mi día a día. Tiene una versión gratuita, que de momento me sirve para lo que necesito. También se pueden crear presentaciones con markdown, aunque justo eso no lo he probado.
View Your Mind
Compartido por @PeterLib: View Your Mind, diría que es un clásico en linux, quizá más arcaico, pero lo que mola es que te genera el mapa, y en una opción de exportar tipo web, te genera un índice tipo wikipedia y luego con opción de desarrollar contrenido. Aquí tengo un ejemplo hecho de mapa de lo que sería la entrada de FLOSS de la wikipedia que suelo usar de ejemplo: https://pedrolr.es/mapasmentales/vym/floss/zzFLOSSinWIKIPEDIA.html y aquí la web donde yo lo descargo: https://sourceforge.net/projects/vym/